MTs Negeri Kota Magelang mempunyai visi :

Islami, Berprestasi, Mandiri dan Berakhlaq Mulia

Untuk melaksanakan visi tersebut MTs Negeri Kota Magelang mempunyai misi :

Melaksanakan pendidikan yang Islami, mengacu pada peningkatan prestasi.
Mendidik peserta didik untuk mandiri dan berakhlaq mulia.
Menciptakan suasana madrasah yang kondusif untuk mampu bersaing dalam menghadapi perubahan zaman.